東華大學(xué)生物工程系成立于2001年，2004年10月又組建了東華大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)研究所，2007年9月系所合并組建成新的生物工程系。生物工程系現(xiàn)有一個(gè)生物工程本科專業(yè)。該系是為適應(yīng)經(jīng)濟(jì)建設(shè)的需要、為培養(yǎng)具有生物、工程、紡織和生物材料等多學(xué)科交叉的復(fù)合型人才而建立的；該系融教學(xué)與科研為一體，專門培養(yǎng)從事生物工程的研究和管理復(fù)合型人才。
　　本系擁有一支年輕、高學(xué)歷、充滿活力、結(jié)構(gòu)合理的教師隊(duì)伍�，F(xiàn)有教學(xué)、科研、教輔人員32人。其中正教授8名，副教授5名，博士生導(dǎo)師5名，碩士生導(dǎo)師11名，中國(guó)科學(xué)院院士1名，校特聘教授1名，來(lái)自國(guó)外著名高校兼職教授2名，來(lái)自國(guó)內(nèi)著名高校顧問(wèn)教授1名。全部正教授都有多年留學(xué)國(guó)外經(jīng)歷，本專業(yè)100%的教師具有博士學(xué)位。本專業(yè)現(xiàn)有生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生物化工兩個(gè)碩士點(diǎn)。本系目前已形成本科、碩士、博士以及博士后人才培養(yǎng)結(jié)構(gòu)。目前在校本科生120人、碩士研究生65人、博士研究生11人、博士后6人。
　　本系擁有一座建筑面積為7000平方米的現(xiàn)代化教學(xué)、科研大樓，設(shè)有蛋白質(zhì)工程與蛋白質(zhì)材料研究組、蛋白質(zhì)研究組、酶化學(xué)與緩釋材料研究組、納米生物功能材料研究組、蛋白質(zhì)剪接研究組、生物材料與組織工程研究組、生物醫(yī)藥研究組、醫(yī)學(xué)分子遺傳學(xué)研究組、微生物工程與工業(yè)生物技術(shù)研究組；擁有供本科學(xué)生教學(xué)實(shí)習(xí)的大型現(xiàn)代化發(fā)酵工程實(shí)驗(yàn)室、大型生物化學(xué)綜合實(shí)驗(yàn)室、大型微生物學(xué)綜合實(shí)驗(yàn)室；擁有一批先進(jìn)的教學(xué)、科研用實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備，儀器設(shè)備價(jià)值600多萬(wàn)元。
　　生物工程系采用與國(guó)際接軌的管理和運(yùn)行機(jī)制，以優(yōu)秀科學(xué)家為學(xué)科帶頭人組成教學(xué)和科研梯隊(duì)，承擔(dān)本科的教學(xué)任務(wù)、研究生的培養(yǎng)和從事科學(xué)研究活動(dòng)。
　　建系五年（建所三年來(lái)）以來(lái)，先后承擔(dān)了國(guó)家“863”項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目、國(guó)家教育部重點(diǎn)項(xiàng)目、教育部留學(xué)回國(guó)人員科研啟動(dòng)基金、上海市浦江人才計(jì)劃項(xiàng)目、上海市登山計(jì)劃項(xiàng)目、上海市納米專項(xiàng)、上海市自然科學(xué)基金項(xiàng)目、中英聯(lián)合項(xiàng)目、中瑞聯(lián)合項(xiàng)目以及和企業(yè)合作等多項(xiàng)科研項(xiàng)目，共獲各類科研經(jīng)費(fèi)800多萬(wàn)元。在國(guó)內(nèi)外主流期刊發(fā)表高水平的學(xué)術(shù)論文多篇。

　　本系目前與加拿大、美國(guó)、英國(guó)、新加坡、瑞典、德國(guó)等國(guó)家的有關(guān)高校及科研院所保持著密切的科研合作與學(xué)術(shù)交流；本系建有中英聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、中瑞聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室；本系蛋白質(zhì)研究組正在與加拿大Dalhousie大學(xué)教授聯(lián)合培養(yǎng)博士和碩士研究生。