醫(yī)學工程學院是合肥工業(yè)大學整合學校制藥工程學科和生物醫(yī)學工程學科相關資源于2011年3月組建而成。學院設置有制藥工程和生物醫(yī)學工程2個本科專業(yè)，擁有生物化工二級學科碩士學位授權點，制藥工程碩士學位授權點，制藥工程專業(yè)碩士學位授權點，以及生物質(zhì)化學與化工博士學位授權資格。制藥工程學科和生物醫(yī)學工程學科已經(jīng)培養(yǎng)本科生和研究生1100多人。目前在校本科生和研究生近500人。
　　醫(yī)學工程學院致力于制藥工程和生物醫(yī)學工程專業(yè)人才的培養(yǎng)，專注于醫(yī)藥、診療技術與設備、醫(yī)療儀器與制造，以及生物材料、組織工程等新興研究領域。學院下設制藥工程系和生物醫(yī)學工程系，擁有藥物分子設計與合成研究所、生物醫(yī)學信息工程研究所和隸屬于教育部農(nóng)產(chǎn)品生物化工工程研究中心的生物化工與制藥工程研究所。學院建有生物醫(yī)學與制藥工程中心實驗室和控釋藥物研究室，實驗設備價值一千多萬元。此外，醫(yī)學工程學院還建有校內(nèi)外實習教學基地10余家，具有較完備的專業(yè)實踐教學與科研實驗平臺條件。
　　醫(yī)學工程學院現(xiàn)有教職員工25人，包括教授5人、副教授5人和高級實驗師2人。教職員工中擁有博士學位的占20人，來自于醫(yī)學、藥學、化學、制藥工程、生物化工、生物醫(yī)學工程、材料工程等專業(yè)教育背景。部分教師同時具有工業(yè)界一線工作經(jīng)歷。這支隊伍先后承擔了多項教學研究課題，取得了國家級教學成果二等獎1項、省級教學成果二等獎1項和國家級質(zhì)量工程項目2項。
　　醫(yī)學工程學院已經(jīng)完成數(shù)十項國家級、省部級科研課題以及企業(yè)委托科研項目。學院在新藥創(chuàng)制和制藥工程研究方向具有較強的實力，已經(jīng)開發(fā)出一類新藥心腦血管藥物銀杏內(nèi)酯B注射劑；作為區(qū)域性緩釋化療技術的引領者，開發(fā)了國內(nèi)外首創(chuàng)的抗腫瘤氟尿嘧啶植入劑（新藥證書和GMP證書）。目前學院正在大力拓展醫(yī)療成像技術和組織材料工程等特色科研領域。
　　醫(yī)學工程學院積極投身于辦學理念和人才培養(yǎng)模式的創(chuàng)新，努力打造高水平、有特色的師資隊伍，不斷完善實驗與科研條件，為學生成長提供強有力的保障。