中藥學(xué)院前身為南京藥學(xué)院生藥系，80年代初改名為中藥系，1985年經(jīng)國家教委批準(zhǔn)，獨立籌建南京中藥學(xué)院，1986年根據(jù)國家教委決定，與南京藥學(xué)院合并，成立中國藥科大學(xué)，改稱中國藥科大學(xué)中藥學(xué)院。1998年12月，中藥研究所并入中藥學(xué)院。
　　中藥學(xué)院現(xiàn)設(shè)有7個教研室、3個研究室和3個本科教學(xué)實驗中心，并附設(shè)中藥標(biāo)本館與藥用植物園�，F(xiàn)有學(xué)生2300余名，其中本科生1700名，碩士生、博士生600余名。本科生的培養(yǎng)設(shè)中藥學(xué)和中藥資源與開發(fā)專業(yè)，其中中藥學(xué)專業(yè)為國家特色專業(yè)建設(shè)點、江蘇省品牌專業(yè)；中藥資源與開發(fā)專業(yè)為江蘇省品牌專業(yè)建設(shè)點。在中藥學(xué)專業(yè)內(nèi)分設(shè)中藥分析、中藥制藥、中藥生物技術(shù)三個專業(yè)方向。中藥學(xué)院設(shè)有國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)的中藥學(xué)一級學(xué)科博士點，生藥學(xué)二級學(xué)科博士點，中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)（藥學(xué)）二級學(xué)科博士點，學(xué)校自主設(shè)立的天然藥物化學(xué)二級學(xué)科博士點。其中，中藥學(xué)學(xué)科為國家一級重點學(xué)科培育建設(shè)點，生藥學(xué)學(xué)科是國家級重點學(xué)科，天然藥物化學(xué)學(xué)科是藥物化學(xué)國家級重點學(xué)科的重要組成部分。我院設(shè)有中藥學(xué)博士后流動站，并是我校藥學(xué)博士后流動站的重要組成部分，各學(xué)科方向均可招收博士后研究人員。
　　學(xué)院現(xiàn)有教職工110余名，包括教授18名，副教授36名，講師47名，其中長江學(xué)者特聘教授2名，博士生導(dǎo)師13名。已故的著名中醫(yī)藥學(xué)家、中國科學(xué)院學(xué)部委員葉桔泉教授在學(xué)院執(zhí)教終身；已故的徐國鈞院士是我國生藥學(xué)學(xué)科的開拓者之一，他創(chuàng)立的中藥粉末鑒定學(xué)具有國際先進(jìn)水平。
　　學(xué)院承擔(dān)了多項國家重點科技攻關(guān)項目、國家“863”重大專項和國家自然科學(xué)基金重點項目、“重大新藥創(chuàng)制”國家重大科技專項及省部級重點科研項目，獲得了包括國家科技進(jìn)步一等獎在內(nèi)的多項國家和省部級獎勵，研究開發(fā)出以關(guān)附甲素一類新藥為代表的一批創(chuàng)新藥物。