制藥工程系是學(xué)校整合制藥工程專業(yè)等相關(guān)資源組建而成。現(xiàn)擁有制藥工程本科專業(yè)、生物化工碩士授權(quán)點(diǎn)、生物質(zhì)化學(xué)化工博士授權(quán)點(diǎn)以及制藥工程領(lǐng)域工程碩士授權(quán)資格。其中制藥工程專業(yè)是1997年與安徽中醫(yī)學(xué)院合辦的專業(yè)，為國內(nèi)最早一批招收本科制藥工程專業(yè)的高校，2003年在兩校資源共享的基礎(chǔ)上，實(shí)現(xiàn)獨(dú)立招生，經(jīng)過10多年的建設(shè)，本專業(yè)已成為合肥工業(yè)大學(xué)的教改示范專業(yè)、優(yōu)勢專業(yè)和校級特色專業(yè)，并于2009年被列為國家級特色專業(yè)。制藥工程系現(xiàn)已為國家培養(yǎng)并向社會輸送本科生和研究生800？余人，在讀本科生和研究生近400？人。
　　制藥工程系現(xiàn)有專職教師12人，其中教授2人，副教授5人，碩士生導(dǎo)師7人，所有授課教師均具有碩士以上學(xué)位，其中已獲博士學(xué)位7人，在職攻讀博士學(xué)位3人。這些教師分別擁有醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、化學(xué)、制藥工程、生物化工等專業(yè)教育背景，部分教師同時(shí)具有工業(yè)界一線工作經(jīng)歷。教師隊(duì)伍先后承擔(dān)了多項(xiàng)教學(xué)研究課題，取得了國家級教學(xué)成果二等獎1項(xiàng)、省級教學(xué)成果二等獎1項(xiàng)和國家級質(zhì)量工程項(xiàng)目2項(xiàng)，完成數(shù)十項(xiàng)國家級、省部級科研課題以及企業(yè)委托科研項(xiàng)目。另還配備了專門的實(shí)驗(yàn)與教學(xué)設(shè)備，建有校內(nèi)外實(shí)習(xí)教學(xué)基地10余家，具有較完備的專業(yè)實(shí)踐教學(xué)與科研實(shí)驗(yàn)平臺條件。