上海交通大學藥學院由上海交通大學和上海醫(yī)藥工業(yè)研究院共建，于2000年2月26日成立。藥學院是上海交通大學的二級學院，主要任務是招收和培養(yǎng)本科生、研究生（碩士、博士），學科建設、科學研究、技術開發(fā)、成果產業(yè)化等。

　　藥學院傳承上海交通大學追求卓越的信念，以建設世界一流藥學院為奮斗目標，踐行知識傳授、能力建設和人格養(yǎng)成的“三位一體”人才培養(yǎng)理念，以本科教育為立院之本、科研為強院之路，充分發(fā)揮學科齊全、研究力量雄厚的優(yōu)勢，堅持教學和科研并重，培養(yǎng)綜合素質高、專業(yè)知識面寬、業(yè)務能力強、具有競爭力的研究型和創(chuàng)新型藥學本科人才。

　　具有藥學博士后流動站、藥學博士學位授予權、藥學和中藥學碩士學位授予權。2010年全球學科排名中藥理學與毒理學躋身ESI全球研究機構的前1%行列，4月-6月間該領域國際論文被引總頻次增長速度居全球之冠，榮登ESI “Rising Star”。先后承擔國家重大科學研究計劃、“973計劃”、國家自然科學基金、“國家重大新藥創(chuàng)制”重大專項、“863計劃”、“支撐計劃”等眾多國家級重大和重點項目以及省部級重大和重點項目、國內外橫向合作研究項目。近五年來，授權發(fā)明專利80余項，發(fā)表SCI/EI論文500余篇，其中在Science，Nature Review Drug Discovery，Journa1 of Proteome Research，Cancer Research 等國際頂級期刊發(fā)表了數(shù)十篇有較大影響的學術論文。擁有“細胞工程及抗體藥物”教育部工程研究中心（籌）、國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室、國家“重大新藥創(chuàng)制”技術平臺，以及“臨床評價研究技術平臺-臨床藥物動力學和藥物代謝組”建設點等重要平臺基地。